Viimasel kümnendil on inimese mikrobioomi uurimine olnud isikumeditsiini vaatenurgast kahtlemata üks põnevamaid ja kiiremini laienevaid valdkondi. Tehnoloogia areng ja saadaolevate andmete suurenemine on muutnud mikrobioomide uurimist, laiendades meie teadmisi selle kohta, kuidas mikrobioomi kooslust mõjutavad elustiili valikud ja elukeskkond ning kuidas see peegeldab indiviidi terviseseisundit. Samuti uuritakse mehhanisme, mille abil ebasoodsad muutused mikrobioomis võivad viia heaolu halvenemiseni ja võimalusi, kuidas mikrobioomi saaks muuta, et takistada haiguse progresseerumist. Eesti Geenivaramu ja Tartu Ülikooli teadlaste uuringus, kus analüüsiti sügava metagenoomilise järjestuse väljaheite andmeid koos rikkaliku fenotüübiga, sealhulgas 71 haigust, 136 ravimit, 21 toitumisküsimust, 5 meditsiinilist protseduuri ja 19 muud tegurit, leiti arvukalt seoseid erinevate mikrobioomide tunnustega. Antud uuringus näidati, et pikaajalisel antibiootikumide kasutamisel, sõltumata hiljutisest manustamisest, on oluline mõju mikrobioomi koostisele, selgitades osaliselt haiguste vahelisi ühiseid seoseid.